インバース PCRについてまとめてみました。
PCRの基本的な原理は以下の記事でまとめていますので、合わせて読んでいただければと思います。
DNAは5’から3’方向にDNA鎖の伸長を行います。
PCRでは増幅したい領域を挟み込むようなプライマーを設計し、プライマーの間の領域を増幅します。
したがって、ある程度塩基配列のわかっている領域でないと増幅することができないことになります。
PCRで未知の領域の増幅を行う手法の一つがインバースPCRです。
上述の通り、通常のPCRでは内向きに挟み込むプライマーを設計しますが、インバースPCRでは外向きのプライマーでPCRを行います。
外向きのプライマーですと、目的の領域を挟み込むことはできませんので、鋳型に対して一工夫します。
その工夫とは、鋳型DNAを制限酵素で断片状にし、それをDNAリガーゼで結合することで、環状のDNAにすることです。
環状DNAにすることで、外向きのプライマーで伸長反応が進んでも、輪の反対側では編み込むことが可能です。
このような方法で、未知領域のDNA領域の増幅が可能となります。
